Організаційна структура ХЦПСА функціонально відображає модель управління перепідготовкою (набір, навчання, працевлаштування) за програмами (економічні і комп’ютерні дисципліни) і ресурсами: директор, менеджер з набору та працевлаштування, менеджер з перепідготовки (розділено за дисциплінами – економічні і комп’ютерні).
Адміністративно-управлінські функції виконують 5 співробітників центру з досвідом роботи понад 15 років в різних програмах міжнародного співробітництва у сфері перепідготовки та соціальної адаптації.
ХЦПСА очолює директор.
Директор відповідає за організацію роботи центру, здійснює комунікацію з органами влади і командуванням військових частин, контролює процес виконання програм і відповідає за їх розвиток, відповідає за якість результатів діяльності згідно контракту із замовником послуг професійної підготовки.
Директору ХЦПСА підпорядковуються менеджери центру, які безперервно взаємодіють один з одним на всіх стадіях виконання програм перепідготовки для об’єднання й інтегрування заходів виконання задач у досягненні цілі зростання ефективності перепідготовки і соціальної адаптації колишніх військовослужбовців. Розроблені менеджерами рішення і результати діяльності затверджуються директором ХЦПСА. Організаційно-правова і фінансова документація є частиною документообігу ХНУ. ХЦПСА виконує і дотримується вимог і стандартів чинного законодавства та ХНУ.
Менеджер з набору та працевлаштування відповідає за інформування і набір слухачів курсів, консультування, маркетинг і здійснює допомогу в працевлаштуванні випускникам курсів, відповідає за управління контрактом, укладеним із замовником послуг професійної підготовки.
Менеджер з перепідготовки (економічні та комп’ютерні дисципліни) відповідає за дотримання високих стандартів якості навчання шляхом розробки, формування та виконання змісту професійного навчання відповідно до державних освітніх стандартів і потреб територіальних ринків праці за запропонованими програмами перепідготовки.